Als eingetragener Verein ist das IWH satzungsgemäß in verschiedene Organisationseinheiten (Gremien) gegliedert, die das Institut leiten, überprüfen, beraten und tragen. Diese Gremien sind der Vorstand, der Aufsichtsrat, die Mitgliederversammlung sowie der Wissenschaftliche Beirat.

Der Wissenschaftliche Beirat berät Vorstand und Aufsichtsrat in grundlegenden fachlichen und fächerübergreifenden Fragen des wissenschaftlichen Arbeitsprogramms sowie der nationalen und internationalen Kooperation. Der Wissenschaftliche Beirat soll die Forschungstätigkeit des Instituts regelmäßig begleiten, beratend im Dialog mit dem Vorstand und den bewerteten Forschungseinheiten unterstützen und bewerten.